Ján Bahýľ sa narodil vo Zvolenskej Slatine do evanjelickej roľníckej rodiny Martina Bahýľa (v matrike písaný „Bahily“) a Zuzany, rod. Chovancovej. Po absolvovaní gymnázia vo Zvolene navštevoval od roku 1871 do roku 1876 Technickú vojenskú akadémiu vo Viedni , ženijno-stavebný smer so špeciálnym zameraním na vojenské opevnenia. Po piatich rokoch usilovného štúdia získal diplom stavebného inžiniera a hodnosť poručíka a začal pracovať v rakúsko-uhorskej armáde ako vojenský technik. Pôsobil v rôznych častiach vtedajšej rakúskej časti monarchie. V rokoch 1890 až 1891 pôsobil v Dubrovníku, kde projektoval mnohé vojenské objekty a opevnenia a viedol ich stavbu. V rokoch 1892 až 1895 pôsobil v Dalmácii ( Trebeník).
V roku 1892 sa v Bratislave oženil s Rozáliou Schwanzerovou, dcérou zámožného vinohradníka z Rače. V manželstve sa im narodili tri deti, dve dcéry Frida a Vilhelmína a syn Gustáv.
Mal mimoriadne technické nadanie, zaoberal sa množstvom rôznych problémov z odboru vojenskej vedy, vojenskej stavebnej techniky, strojárstva a pod. Poverovaný bol dôležitými a zložitými technickými a stavebnými úlohami. Vypracoval celý rad návrhov na zlepšenie delostreleckej techniky i železničnej dopravy, kde sa od roku 1888 zaoberal automatickým spájaním vlakových súprav. Jeho hlavným záujmom však bolo od konca 80-tych rokov 19. storočia, kedy sa udiali prvé pokusy o cestovanie vzducholoďou, letectvo.
Jeho záujem sa koncentroval na návrhy riešenia konštrukcie vrtuľníka, prípadne jeho dvojrotorovej vrtule so spoločnou vertikálnou nosnou osou. V roku 1894 zostrojil vznášacie balóny kombinované so vzdušnou turbínou, ktoré úspešne vyskúšal a dostal na ne patenty.
V tom istom roku vypracoval Bahýl prvý návrh konštrukcie vrtuľníka s pohonom ľudskej sily. Projekt vrtuľníka mal dve zvislé osi, na každej z nich po štyri horizontálne na sebe pripevnené vrtule, poháňané pásovým pohonom. Dňa 13. augusta 1895 dostal od cisára Františka Jozefa I. na podaný plán vrtuľníka patentovú listinu č. 3392 - privilégium realizovať navrhovaný patent.
Na prvý let sa prišla pozrieť vojenská komisia. Zaznamenala, že vrtuľník sa vzniesol do výšky 50 cm. Termín realizácie projektu nebol dodržaný. V roku 1897 sa však s týmto vrtuľníkom na nožný pohon vzniesol do výšky 3 m.
Po uvoľnení z armády žil istý čas v Pezinku a neskôr sa presťahoval do Bratislavy, kde pracoval v Marschallovej továrni na výrobu vozov a kočov. a nadväzuje s ním kontakt. V rokoch 1901 až 1903 skonštruoval spolu s Antonom Marschallom v Bratislave vylepšený model vrtuľníka typu AVION, na ktorom sa v roku 1901 vzniesol viackrát do výšky pol metra. V roku 1903 sa vzniesol do výšky 1,5 m a dňa 5. mája 1905 sa vynálezca Ján Bahýľ na svojom vrtuľníku s benzínovým motorom vzniesol v Bratislave do výšky 4 metrov a preletel 1500 m. Tento pokus zaprotokolovala aj Medzinárodná vzduchoplavebná organizácia. Následne bol projekt vrtuľníka AVION v máji 1905 prihlásený na uhorskú ohlasovňu v Budapešti, ktorá im vydala v januári 1906 tzv. Szabadalmi leíráa (popis patentu). Ďalší osud vrtuľníka nie je známy.
Jeho vynález však nemal kto financovať, a to ho pripravilo o svetové prvenstvo v tomto vynáleze. Kostru vrtuľníka tvorili dve zvislé osi, kde na každej boli umiestnené 4 horizontálne vrtule poháňané retiazkovým bicyklovým prevodom (nehospodárna činnosť vrtule v horizontálnom položení, kde sú veľké straty energie). Svojho zámeru sa J. Bahýľ nevzdáva a pôvodný dvojrotorový systém rozpracoval na princíp spoločnej náhonovej osi tak, že navrhol systém rotorových listov, zhotovených v tvare obrovských vejárov s drôteným skeletom, obtiahnutým plátnom.
Ján Bahýľ sa stal na základe jeho prác a dosiahnutých výsledkov vynálezcom horizontálnej vrtule. Podľa neho konštruovali podobné stroje v zahraničí a práce Jána Bahýľa mali kladný prínos na rozvoj vrtuľníkov. Keďže od armády nedostal finančnú pomoc a nepodarilo sa mu nadviazať spoluprácu s vynálezcami a podnikateľmi v USA a Nemecku, vzdal sa ďalších pokusov. Svojimi pokusmi s motorovým vrtuľníkom predstihol najmenej o štyri roky Francúzov L. Bérgueta a J. Cornua, v technickej literatúre označovaných za vynálezcov vrtuľníka.
Ján Bahýľ bol vyznamenaný diplomom Františka Jozefa I. za tzv. letecký patent a návrhy a realizáciu vojenských opevnení a objektov.
V rokoch 1895 - 1914 bol predsedom vzduchoplavebnej organizácie v Bratislave. V Bratislave si tiež sám vyprojektoval a postavil jednoposchodový dom na Holubyho ulici.
Zomrel v Bratislave a pochovaný je na historickom evanjelickom cintoríne v Bratislave pri Kozej bráne. Na jeho náhrobku, ktorý si sám navrhol, je kružidlo a trojuholník, teda symboly inžinierstva.
V roku 1978 bol nakrútený dokumentárny film o diele Jána Bahýľa s názvom Premožiteľ Edisona.
Ministerstvo dopravy, spojov a verejných prác SR vydalo dňa 20. 4. 1995 príležitostnú poštovú známku "Ján Bahýľ" zo série Osobnosti v nominálnej hodnote 6 Sk (autori výtvarného návrhu Igor Piačka a Bohumil Šneider).